2- Connaissance des protéines et de leurs interactions
Actions :
- 1992 : mise en place d’un groupe de travail « dystrophine et protéines associées » réunissant des spécialistes du cytosquelette et des interactions protéines-membranes.
- 2001 : lancement de Décrypthon 1 dont l’objectif est d’établir une véritable cartographie des protéomes du monde vivant (animal, végétal et humain), dont la séquence est entièrement connue à la date de janvier 2002. Cet important projet, lancé au cours du Téléthon 2001 et réalisé avec la participation de 75 000 internautes, a vu le jour grâce à l'initiative de l'AFM avec la collaboration de la société de biotechnologie Genomining (Genopole d'Évry) et d’IBM.
- 2004 : lancement du programme Décrypthon. Ce programme sur 3 ans consiste à mettre en place une plate-forme technologique de pointe reposant sur le Grid Computing pour apporter à des équipes de chercheurs des moyens de calcul très importants. L’objectif est d’accélérer la recherche en génomique et en protéomique pour progresser plus rapidement dans la compréhension des maladies génétiques, notamment des maladies neuromusculaires. En complément des trois partenaires fondateurs qui sont l’AFM, le CNRS et IBM, le programme s’appuie sur la participation de 4 universités (Bordeaux, Lille, Paris 6 Jussieu et Orsay), de l’Ecole Normale Supérieure de Lyon et du centre de ressources du Crihan (Rouen), où des supercalculateurs ont été installés par IBM (puissance de 500 Gflops). Décrypthon utilise le réseau à très haut débit RENATER (Réseau National de Télécommunications pour l’Enseignement et la Recherche), sur lequel est connecté l’ensemble de ces ressources. Enfin, il exploite la suite logicielle Grid MP de la société américaine United Devices. Début 2006, 5 projets, sélectionnés sur appel d’offres, utilisent cette grille : « mutation structurales avec leurs conséquences sur le phénotype des pathologies humaines » (Poch, Deléage) ; « Développement et utilisation d’approches informatiques pour l’analyse des liens existant entre les défauts d’épissage et les maladies génétiques » (Branlant, Leclerc, Guermeur) ; «Investigation à large échelle des interactions protéine-protéine, protéine-ADN, protéine-ligand à la recherche de nouvelles cibles thérapeutiques » (A. Carbone, J-M. Chesneaux, R. Lavery, P. Guicheney) ; « parallèlisation par la méthode de Monte Carlo d’une méthode d’analyse des pics d’activité électrique cérébrale et le développement d'un outil d’analyse pour les neurosciences et les maladies neuromusculaires » (C. Pouzat et P. Viot) ; « analyse des données des transcriptomes de différentes espèces en vue d’annoter les gènes humains impliqués dans les maladies neuromusculaires » (M. Robinson-Rechavi, F. Desprez) .
- 2004 : mise en place de l’appel d’offres interactions protéiques dans le but de faciliter l'accès aux technologies disponibles pour identifier les interactions entre protéines (double hybride, immunoprécipitation, méthodes optiques, cribles génétiques, puces à protéines etc…). Neuf projets financés sont en cours de réalisation, notamment un important programme de cartographie des protéines de la cellule musculaire mené conjointement par Généthon (I. Richard) et Hybrigenics.
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Françoise, Loiret
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