Alors que les américains ont décidé, dans le cadre de leur projet génome humain, de séquencer le génome humain chromosome par chromosome, chaque chromosome étant confié à un laboratoire, l'originalité de Généthon repose sur la stratégie adoptée dès le départ. L'idée de son directeur scientifique, Daniel Cohen, est de s'attaquer au génome dans sa totalité en robotisant au maximum les manipulations et en utilisant la bioinformatique pour traiter le grand nombre de données issues de l'étude du génome. Cette « industrialisation » représente alors une véritable révolution dans le petit monde de la biologie.
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Parallèlement aux cartes, Généthon a développé, jusqu'en 1997, des activités de services : collecte et banque d'ADN, séquençage et génotypage. Le laboratoire a également consacré une partie de son activité à l'étude génétique de pathologies monogéniques (paraplégies spastiques, dystrophie des ceintures, fièvre méditerranéenne périodique, ichtyoses) et polygéniques (diabète non insulino-dépendant, maladies psychiatriques, polyarthrite rhumatoïde et sclérose en plaque).