Généthon II a pris la suite de Généthon I pour exploiter, au bénéfice des malades, les réalisations en cartographie du génome humain et accélérer la localisation et l’identification des gènes pathologiques. Les échantillons accumulés par la banque de cellules et les capacités de collecte pour de nouvelles pathologies offrent le matériel biologique nécessaire pour ce travail.
Deux nouveaux instruments réalisés grâce à une coopération internationale sont venus s’ajouter à l’arsenal technique mis au point par Généthon I :
- une carte des hybrides d’irradiation publiée en 1996
- une carte physique des gènes comportant 30 000 gènes publiée en 1998.
Un service de génotypage ouvert aux utilisateurs extérieurs (une quarantaine d’équipes au total) est mis en place et élabore des techniques de génotypage, utilisant notamment des marqueurs fluorescents, parmi les plus performantes au monde à l’époque. 150 000 génotypes sont alors réalisés par mois. 38 équipes extérieures ont également utilisé le service de distribution de YACs murins dirigé par P. Avner.
L'ensemble des programmes de Généthon II a donc permis de localiser et d’identifier plusieurs gènes par clonage positionnel, notamment les mutations du gène de la calpaïne 3, responsable d’une forme de dystrophie des ceintures et le gène lié à la fièvre méditerranéenne familiale.
Que ce soit donc à travers ses propres équipes, à travers la mise à la disposition des cartes du génome et à travers sa plateforme de service pour les équipes extérieures, Généthon a participé à la recherche des gènes impliqués dans plusieurs centaines de maladies génétiques héréditaires.
Généthon II a été présidé par Robert Manaranche assisté d’un Conseil d’Administration et d’un Conseil Scientifique. Jean Weissenbach en a été le Directeur Scientifique.